根據三個產品的定義和相應技術指標的對比，可以清晰地看到以下區別：

①有機質含量：有機肥有機質含量要求（≥45%）生物有機肥有機質要求（≥40%）其都對有機質的含量做了明確的規定，而微生物菌劑則沒有明確規定。

②有效活菌數：生物有機肥（2000萬個/克）和微生物菌劑對有效活菌數做了明確規定，微生物菌劑的數量要求更高，而有機肥因為生產過程中沒有特別要求添加功能微生物，故沒有要求。

③有效期：生物有機肥和微生物菌劑規定了明確的有效期，主要原因是產品中添加的功能微生物具有特定的有效時間，如果微生物失活，將不具備或降低相應產品具有的功能和效果。

三種肥料的主要功能側重點不一樣

①有機肥側重增加土壤有機質，改善土壤肥力；

②微生物菌劑側重的是微生物，本身并不具備或者具備少量營養成分，且主要用于作為微生物的載體，主要通過依靠微生物的生理代謝活動，促進土壤中有機肥、化肥、礦物質養分的釋放，微生物的次生代謝物含有較多的氨基酸、激素類等物質，可以有效地改善作物的品質，提高作物的抗性，同時還可以抑制土壤中有害菌的滋生，調節土壤理化性質。

③生物有機肥是兼具微生物肥料和有機肥效應的產品，既含有功能微生物，也含有一定量的有機質及營養物質。